Ông sinh ngày 10 tháng 12 năm 1835, trong một gia đình quý tộc cổ vùng Pommern (được phong hàm quý tộc của Đế chế tại Viên vào năm 1792), và là con trai của Thượng tá quân đội Phổ Karl von Lindequist (1795 – 1874) với người vợ thứ nhất của ông này là bà Lony von Mayer (1808 – 1846). Friedrich von Lindequist (1862 – 1945), Thống đốc Tây Nam Phi thuộc Đức là cháu trai của ông.

Thân mẫu của ông mất khi ông chỉ mới 8 tuổi[2]. Vào ngày 20 tháng 9 năm 1867, tại điền trang Woitzel (ở Labes), Lindequist thành hôn với bà Anna von Podewils (Haus Woitzel) (21 tháng 2 năm 1847 tại Magdeburg – sau năm 1928).